Les heures sombre de la seconde guerre mondiale ont lourdement marqué la ville
En 1939, à la fin de la guerre d’Espagne, un camp d’internement est construit à Agde pour recevoir des républicains à partir du mois de février. Ce camp, constitué de baraques légères, est prévu pour 20 000 personnes, mais en reçoit plus de 24 000 dans des conditions précaires, en particulier sur le plan sanitaire. À partir du mois de septembre, après le départ des Espagnols, il reçoit des volontaires tchèques qui participent aux combats contre l’armée allemande en juin 1940 avant d’être démobilisés. Il devient ensuite un centre de recrutement de l’armée belge, mais après la capitulation de leur pays, les jeunes recrues présentes seront internées jusqu’à la fin août. Fin 1940, le régime de Vichy le transforme en Centre de rassemblement des étrangers. Environ 6 000 étrangers, de trente nationalités, y sont internés, dont un millier de juifs étrangers raflés dans l’Hérault en juillet 1942. Le camp fut démantelé à l’automne 1943 et détruit en août 1944[65].
Le 13 novembre 1942, la ville est occupée par l’armée allemande à la suite de l’invasion de la zone libre. Pour prévenir un hypothétique débarquement, les Allemands fortifièrent la côte, notamment en y construisant des blockhaus, dont certains sont encore visibles sur la plage de la Tamarissière, et bloquèrent l’embouchure de l’Hérault en y coulant une drague en 1943[66].